O NEPA é gerido por uma Coordenadoria e pelo Conselho Superior que reúne profissionais pertencentes a diferentes Institutos e Faculdades da Unicamp.
Os membros atuais:
| Unidades de Ensino e Pesquisa | Representantes Titulares | Mandato |
| IFCH | Joice Melo Vieira | 06/08/2025 a 15/08/2028 |
| FEA | Cinthia Bau Betim Cazarin | 01/10/2023 a 30/09/2026 |
| IMECC | Samara Flamini Kiihl | 01/05/2025 a 30/05/2027 |
| FCA | Lhaís de Paula Barbosa Medina | 01/01/2024 a 31/12/2027 |
| IE | Camila Veneo Campos Fonseca | 01/10/2023 a 30/09/2026 |
| Comunidade Externa | Mark Alexandrow Franchi | 01/04/2024 a 30/03/2027 |
| Comunidade Externa | Gabriela Kaiser Fullin Castanho Cinthia Bau Betim Cazarin | 01/04/2024 a 30/03/2027 |
| Representante Pq | Ana Clara da Fonseca Leitão Duran | 11/06/2023 à 10/06/2026 |
| Representante CSARH | Luciana Aparecida de Deus Rosáro | 09/2025 à 09/2028 |